MENGIKUTI PASUKAN Z.A.F.T

Membelot dari ZAFT

Athrun Zala dalam seragam merah ZAFT saat ia mengumumkan dirinya membelot dari ZAFT kepada ayahnya

ZGMF-X09A Justice Gundam

Athrun pun mencoba untuk mengikuti perintah ayahnya, dengan mengendarai Justice Gundam. Sebelum menemukan Kira, ia kembali ke lokasi di mana ia bertarung dengan Kira dengan menggunakan Aegis dan Strike. Akhirnya ia berbicara dengan Pastur Malchio, yang memberikannya informasi mengenai perang Valentine Berdarah Pertama yang terbaru.
Setelah meninggalkan Pastur Malchio, ia akhirnya menemukan Kira di Orb, yang sedang bertarung dengan GAT-X131 Calamity Gundam, GAT-X252 Forbidden Gundam, dan GAT-X370 Raider Gundam. Athrun pada awalnya melihat saja apa yang dilakukan oleh Kira, dan ia berpikir terhadap loyalitasnya, hingga Kira kalah oleh ketiga Gundam milik Earth Alliance tersebut. Athrun pun memutuskan untuk menyelamatkan temannya tersebut. Setelah mobile suit musuh kembali ke pangkalannya akibat habisnya bahan bakar dan juga kurangnya obat yang diberikan kepada para pilotnya, Athrun dan Kira pun berbicara dan mencoba untuk menyamakan pendapat keduanya. Keduanya tidak mau lagi menjadi musuh satu sama lainnya dan keduanya berkeinginan untuk mengakhiri perang Valentine Berdarah Pertama. Akan tetapi, untuk melakukan hal tersebut keduanya harus menanggalkan atribut kemiliterannya, dan akhirnya Athrun dan Dearka Elthman pun membelot dari ZAFT. Pada awalnya keputusan Athrun tidak pasti, dan ia pun tidak berjanji pada Kira. Akan tetapi akhirnya ia membantu Kira saat Orb dihancurkan oleh Uzumi Nala Attha, ketimbang untuk bertarung dengannya seperti apa yang diperintahkan oleh ayahnya, Patrick Zala. Athrun pun menyatakan dirinya membelot dari ZAFT, saat kembali ke luar angkasa, bersama kru Archangel dan orang-orang yang selamat dari Orb.
Sebelum memutuskan untuk bergabung dengan kelompok Lacus, Kira dan lainnya, Athrun kembali ke Jachin Due untuk berbicara dengan ayahnya yang telah menjadi Pemimpin Dewan Supremasi PLANT, untuk menanyakan apa keinginan sebenarnya dari ayahnya. Athrun kembali ke PLANT tanpa menggunakan Justice, malahan menggunakan pesawat milik Earth Alliance yang ada di dalam Archangel, dan berbicara dengan ayahnya mengenai perang. Akhirnya keduanya pun beradu argumentasi, dan ia pun mengetahui bahwa keinginan ayahnya adalah untuk menghancurkan semua Natural, untuk membalas dendam kematian istrinya Lenore Zala, yang juga merupakan ibu dari Athrun Zala. Athrun pun terkejut dan ditembak oleh Patrick, karena memang ia menolak untuk memberitahukan di mana lokasi penyimpanan Justice dan Freedom. Sempat ditawan, untuk diinterogasi, akan tetapi dibebaskan oleh Martin DaCosta (yang disuruh oleh Lacus Clyne) dan kemudian kabur dari Jachin Due dengan menggunakan Eternal. Saat mencoba untuk kabur, justru jalur Eternal pun diganggu oleh pasukan ZAFT, untuk kemudian diselamatkan oleh Kira dengan Freedomnya yang meskipun sebelumnya disuruh oleh Athrun untuk kembali ke Archangel, masih menunggu di luar PLANT.