Keterlibatannya di Perang Valentine Berdarah pertama

[sunting] Pencurian mobile suit di Heliopolis

GAT-X303 Aegis Gundam, mobile suit yang dicuri Athrun

Morgenraete, Inc. secara diam-diam mengembangkan lima buah prototipe mobile suit untuk Earth Alliance dalam sebuah markas yang tersembunyi di dalam sebuah koloni yang bersifat netral, Heliopolis. Mobile suit tersebut ditujukan untuk menandingi teknologi ZAFT yang lebih maju.
ZAFT, melalui komandan Raww Le Kluezze pun menyerang markas tersebut dengan tujuan untuk mencuri semua mobile suit tersebut selama penyerangan. Akan tetapi satu mobile suit gagal menjadi milik ZAFT, akibat orang yang ditugasi untuk mencurinya, Rusty Mackenzie tewas terbunuh. Athrun sendiri berhasil mencuri prototipe GAT-X303 Aegis Gundam. Selama penyerangan dilakukan, ia bertemu kembali dengan Kira Yamato, yang pada waktu itu merupakan orang sipil Heliopolis. Kira pun menjadi pilot GAT-X105 Strike Gundam yang gagal dicuri oleh Rusty, untuk melindungi kawan-kawannya dan para orang sipil lainnya. Pada konflik terakhirnya, Heliopolis pun hancur.

[sunting] Pengejaran Archangel

Karena Kira mempiloti dan melihat unit rahasia militer, ia dan kawan-kawannya pun terpaksa ikut dengan Archangel (kapal perang Earth Alliance) dan kemudian berkeputusan untuk bergabung dengan militer Earth Alliance. Athrun merasa bimbang apakah hendak bertarung dengan sahabatnya atau membujuknya untuk menjadi pasukan ZAFT, karena memang Kira adalah Coordinator. Ia juga memberitahukan kepad Kira, mengapa ia ikut menjadi bagian militer ZAFT pada saat Kira bertarung dengan empat buah unit curian tersebut sendirian. Kata-katanya mempengaruhi Kira, tapi Kira menolak tawaran tersebut dan lolos dari empat mobile suit tersebut saat Mwu La Fllaga ikut campur dalam kemelut.
Selanjutnya, Athrun mengetahui bahwa Lacus Clyne berada di atas Archangel, dan sangat marah ketika Natarle Badgiruel menggunakannya sebagai sandera untuk melindungi Archangel dari kehancuran. Athrun pun bertanya kepada Kira mengapa Kira mau bergabung dengan mereka, yang menggunakan Lacus sebagai tameng dan akan bersumpah akan menolong Lacus, tunangannya. Kira pun akhirnya mengembalikan Lacus kepada Athrun. Ketika telah mendapatkan kembali Lacus, Athrun lagi-lagi membujuk Kira untuk bergabung dengan ZAFT, tapi Kira tetap menolak. Kedua sahabat itu, kemudian berkata tidak akan segan-segan untuk saling menembak dalam pertemuan selanjutnya di medan laga.
Athrun kemudian ditunjuk sebagai pemimpin regu dari skuad Raww Le Kluezze, dan sering berdebat dengan anggotanya, terutama Yzak, dalam beberapa masalah. Ketika regu tersebut disuruh untuk turun ke bumi, pesawat transportasi yang membawa Athrun ditembak oleh Cagalli Yula Athha yang menaiki FX-550 Skygrasper, yang pada saat itu sedang berada di atas Archangel. Athrun pun kemudian menembaknya dan menjatuhkan pesawat Cagalli ke sebuah pulau tak berpenghuni, di mana mereka berdua bertemu. Saat keduanya sedang menunggu bala bantuan untuk menjemput mereka, mereka pun berdebat masalah perang yang sedang berkecamuk. Akhirnya, mereka pun ditolong oleh masing-masing kubu, tanpa memberi tahu apa yang terjadi di pulau tersebut. Athrun pun kemudian mengetahui bahwa Cagalli adalah putri dari pemimpin Orb, sebuah negara netral di Bumi.